一、質粒DNA細胞轉染實驗，應注意以下幾點：
1、質粒的大小和質量
線性化還是超螺旋會影響轉染結果：超螺旋質粒的轉染效率比線性DNA高得多，特別是瞬時轉染。而線性化DNA轉染的整合幾率高。質粒太大了轉染會困難一些。畢竟，相對致密、較小的外源異物被細胞內吞的幾率要大一些。如果你的質粒正好比較大，又沒有經驗，選擇特別注明可以轉大質粒的轉染試劑成功幾率會高一些。有的轉染試劑還會提供一些促進DNA凝聚的成分，使得DNA形成轉染復合物時更致密一些，更容易轉染一些。純化質粒的質量也會影響轉染效率，一定要選擇高質量的質粒。
2、質粒DNA的濃度和量
做轉染實驗，質粒的純度是一定要的。OD值260/280在1.8左右，是一個基本的指標，即沒有蛋白和RNA 污染。最重要的是內毒素要清除干凈。內毒素清除的效果，才是是否用于轉染的決定指標。既然質粒純化已經不成問題，初學者通常都不會在乎甚至愿意多加點DNA，但是要注意的是，DNA量過少固然轉染效率不高，DNA量過多同樣會降低轉染效率。所以預實驗需要按照說明書的要求，按一定比例混合適量的質粒DNA和轉染試劑。有的轉染試劑要求DNA的量多些，有的轉染試劑效率高只要很少DNA。
3、轉染試劑的選擇
在確定了質粒的質量之后，就要考慮轉染試劑的選擇了。目前大多數用的是脂質體類的轉染試劑，但這類試劑的毒性較大，轉染效率低，最好選擇非脂質體的轉染試劑，如Entranster試劑。
二、成功siRNA轉染的主要關鍵點有什么？
1.設計合成有效的siRNA
RNAi的核心需要siRNA對相應mRNA進行有效的結合和作用。siRNA的設計合成首先很重要，最優的設計可以用最小的工作濃度取得滿意的沉 默效果，減少副反應的發生。siRNA的設計可以通過檢索,優先選用經過驗證的siRNA或設計多對siRNA。需要強調的是，需要同時設置陰性對照以排 除非特異沉默現象和陽性對照以確認整個實驗體系的有效性。
2.合成的siRNA注意純度和工作濃度
siRNA的合成需要注意的是一定要選用高純度的siRNA，siRNA的純度直接關系到轉染效率和沉默效率。siRNA的工作濃度和siRNA的設計、細胞種類、目標基因有關。建議一定進行相關的預實驗優化各條件。
3.選擇合適的siRNA轉染試劑
選擇合適的siRNA轉染試劑是的RNAi實驗成功另一個關鍵。由于細胞毒性對siRNA實 驗的影響非常大，可以直接影響實驗結論和結果，所以一定選擇低毒性的轉染試劑，看一個轉染試劑毒性是否低，有一個簡單的方法，看轉染的過程和要求，比如要 求的細胞密度越大，說明毒性越大，比如轉染復合物容許和細胞孵育的時間越短，說明毒性越大。除了低毒性，還最好操作簡便，越簡單越好，比如有的轉染試劑要 求轉染前換無血清培養基或低血清培養基，轉染后又要有血清培養基，實際上，由于培養條件的頻繁變化，可能會對細胞表達模式產生影響，對后續的mRNA和蛋 白分析也同樣產生影響，最終影響實驗的可靠性。
4、健康的細胞培養物和嚴格的操作確保轉染的重復性
通常，健康的細胞轉染效率較高。此外，較低的傳代數能確保每次實驗所用細胞的穩定性。為了優化實驗，推薦用50代以下的轉染細胞，否則細胞轉染效率會隨時間明顯下降。
siRNA轉染后細胞死亡
原因也是多樣的，如脂質體毒性，轉染濃度過高，轉染前的細胞狀態不佳等都可能導致轉染后細胞死亡的情況發生，這種情況下就需要適當優化轉染條件；可以選擇細胞毒性小的非脂質體類的轉染試劑，如Entranster試劑，另外，如果siRNA所靶向的基因對于維持細胞生長是非常重要的，出現細胞死亡的現象可能正是由于基因干擾引起的，如果由于細胞死亡而影響檢測的話，可以適當調整檢測時間。實驗條件的優化，包括轉染前細胞密度調整，轉染濃度，檢測時間等。
siRNA沉默效率的檢測
1.PCR檢測mRNA水平的沉默效果，一般推薦在48h到72h檢測吧?？赡?8h比較理想吧。需要具體的摸所時間。
2.WB檢測蛋白蛋白水平的檢測，一般在轉染后48h到92h間提蛋白檢測蛋白水平的沉默效果，檢測時間跟你的蛋白的半衰期有關系，具體的時間需要設計時間梯度，一般理想的是在72h最明顯。
3.PCR檢測沉迷效果時，在設計引物的時候最好是將引物設計在沉默位點的兩側，而不是在同側。這個是由于RNAi引起的沉默是先進行mRNA的切割之后造成mRNA的降解。這個可能切割和降解具有不同的時間點。即使不能設計在同側，也不要離沉默位點太遠的地方。不然可能會造成對沉默效果的低估。
4.關于siRNA的陽性對照。如果你的實驗中出現了siRNA的轉染效率很高能夠達到70以上，而siRNA的沉默效率始終很低的話，這個時候你需要懷疑你的siRNA的效果問題了。這個時候可以做下siRNA的陽性對照。陽性對照有actin和gapdh等?；居嗅槍@些基因的特異性的高效的siRNA序列。
